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Cyt c模擬計(jì)算——復(fù)達(dá)客戶檢測(cè)案例

2021年07月09日,客服中心反饋廣東某大學(xué)的模擬需求,接到反饋后,材料檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室工程師第一時(shí)間與客戶進(jìn)行詳細(xì)溝通,情況如下:


客戶背景


客戶是之前做過(guò)對(duì)結(jié)果很滿意,現(xiàn)又繼續(xù)跟進(jìn)做了。需要得到精確的反應(yīng)過(guò)程,第一是第一個(gè)雙氧水和鐵中心結(jié)合的能力算出來(lái);第二是第二個(gè)雙氧水被遠(yuǎn)離的His穩(wěn)定的可能性。


樣品名稱


游離Cyt c和Cyt c@HOFs(最優(yōu)結(jié)構(gòu))


客戶需求


需要得到精確的反應(yīng)過(guò)程,第一是第一個(gè)雙氧水和鐵中心結(jié)合的能力算出來(lái),第二是第二個(gè)雙氧水被遠(yuǎn)離的His穩(wěn)定的可能性。


解決方案


細(xì)胞色素c (Cyt c)蛋白與框架材料,利用大分子對(duì)接軟件,將蛋白質(zhì)與框架材料進(jìn)行分子對(duì)接,獲取兩者之間最低能量點(diǎn)對(duì)接位相,作為兩者動(dòng)力學(xué)優(yōu)化前提結(jié)構(gòu);長(zhǎng)時(shí)間分子動(dòng)力學(xué):對(duì)蛋白-納米框架材料,進(jìn)行>100ns的分子動(dòng)力學(xué)模擬,直至體系平衡,取平衡后復(fù)合物體系平均結(jié)構(gòu)。


客戶反饋


客戶對(duì)結(jié)果非常滿意,數(shù)據(jù)和圖都十分漂亮。


蛋白質(zhì)與框架材料分子對(duì)接.png

納米材料對(duì)接格點(diǎn)盒子.png

蛋白質(zhì)分子對(duì)接.png